晶体结构绘制软件(Diamond) v4.1 官方版

Diamond软件是一款功能强大的晶体结构绘制软件，拥有分子和聚合物扩展、多面体、搜索结构数据、自动和批量创建结构图片等，支持晶体结构着色和渲染以及批注，方便进行晶体结构的绘制和分析，有需要的朋友可以下载！

软件功能

1、自动和批量创建结构图片：

看到新的“自动图片造物主”对接窗格，自动将建筑选项，图片设计和查看方向的变化应用到结构图上，新的“设计方案”作为一种样式表，让您轻松地转换结构图片介绍或出版。

2、提高生产力：

阅读钻石4中的新工作模式，在探索晶体或分子结构期间进行更直观的旋转，移动或缩放的“抓取模式”，在原子周围的原子和分子的“邻近预览”(键，分子)鼠标光标，有几个选项可以使用鼠标滚轮来改变属性(放大因子，放大/缩小，改变原子半径)或改变周围环境(炸掉多面体，扩展分子簇等)(“鼠标滚动”)。

3、分子和聚合物的扩展功能：

概述几种选项来创建一个填充图(单元格范围，球形，平板或分子片)，关于非键合接点的支持和改进的氢键处理。对于大分子或有机和无机聚合物(分子簇的扩展，聚合物框架的生长或切割，无机框架的抽吸)，还有几个新的功能被应用。

4、新的多面体功能：

原子场的“原子环境”各自作为新的选择标准来定义配位多面体的原子(或配位球)。构造多面体的几何功能有几个功能，如原子或键的构造，多面体在同一原子间的点击，复制和粘贴等多面体的组合或分裂。看看Voronoi多面体是如何构建的。

5、搜索结构数据：

阅读有关访问晶体结构数据库COD(“晶体学开放数据库”)的信息，其中包括AMCSD(“美国矿物学家晶体结构数据库”)以及IUCr期刊的CIF文件。

6、改进的用户界面：

查看新的或改进的用户界面元素，可以更好地集成和关联不同的视图(结构图，表格，粉末图案等)。阅读增强的可能性来预览，调整和排列结构图片缩略图，关于结构参数集的颜色编码，新的对接窗口“最近的图片”，“撤销缓冲区”和“视频序列缓冲区”，新的“原子列表”数据窗格，创建的分子表以及以全屏视图查看结构图的可能性。

软件特点

1、粉末图拟合

粉末衍射数据既能在表格也能在图表中计算和显示。结构参 数变化表格和图表自动更新。

2、属性面板和更多辅助视图

新属性面板根据现实状况显示信息。例如：选定原子的属性，选定原子周围距离，通过选定原子的最佳平面或者直线、 质心。距离和角度表格提供直方图和统计数据，数据支持对结构参数数据简短概述。

3、模型单独分配

在版本V2中，模型(球棍模型、空间结构模型)为全局设置。V3版本中，可以将模型单个分配给选定的原子。这就意味着用户可以在一个相同的图片显示球棍模型、空间结构模型、椭圆体模型、棍状模型或者线框模型。

4、创建POV-Ray场景

POV-Ray 助手帮助用户创建相当逼真的光线追踪器图像，显示纹理、背景、光线追踪、多光源。

5、几何增强：平面、线等

平面可由hkl定义，或通过一组3个或更多的原子定义为最佳平面(或通过2个或者更多的原子定义为线)。可检查平面度(线性度)。另外，还能交互计算或者测量原子距离平面和线的距离以及平面之间/线之间的角度。

Diamond使用教程

1、工程建立后我们就可以进行程序的编写添加了。

选择左下角file list 选项卡

这里主要是工程的信息。

在input files 上右键弹出选项addànew file。。。

在这选择添加文件的类型文件名和文件的路径根据实际情况添加。由于diamond的文本编辑不是特别好用，所以通常都用第三方的文本编辑器。如notepad++。

所以主要都是添加文件的，文件添加和新建类似如图：

将文件都添加进去。

2、选择左下角process选项卡

这时这是要设置一下，如果不用diamond做仿真勾选这3项就可以。

第一项是综合，点击综合按钮就是两个收尾相接的小箭头。

综合中。

综合完成。

常见问题解答

1. Diamond出图时怎么设置dpi数目

我在使用Diamond出图时分辨率并不算小，可是编辑说我的图只有 96dpi，但杂志要求至少 600dpi,请问我该怎么设置?

答: 在picture/layout.../对话框的Targets中选择Bitmap，然后就可以自己输入需要的分辨率了.要保存为位图格式才可以。如果是JPG格式，还是 96dpi.

答: 呵呵，发现在 tools 下拉菜单的 option 里.

2. Diamond椭球图阴影画图

如图中所示，怎么画出每个椭球中的阴影部分?我用的是 3.1d版本.

答 : 这 个 是 在 diamond 中 的 '原 子 设 置 中 '中 选 的 ， 具 体 如 下 ： picture-------atomsdesign-------style and colors-------style 中选择 octant 即可。

3. 怎样建立氢键

我这儿有一个 cif 文件，一个 tab 文件和两个已经用 diamond 作好的图，但不知道这两个图是怎么画出来的，想知道作图过程，请 diamond 高手用 word 或 pdf 写出作图过程。

答：没什么技术含量的吧，堆积一下，删掉多余的原子，创建氢键就好。

4. 怎样建立单个分子

diamond 一打开 cif，就是堆积图，怎么才能显示一个分子。

答：好像最新的更新包已经改过这个 bug 了。但是因为没有对应的程序，所以俺还是用以前的 3.0，经常遇到这个问题。如果你的分子间没有作用，即：没有乱七八糟的键连在一起，选中一个原子，然后，ctrol+M, 选中一个分子，然后，反选，即选中除该分子之外的所有分子，然后一键 delete, 就 ok 了。如果分子连成片，就删吧。

对于非中心分子，即含反离子的分子结构要小心，不要把反离子漏掉了。当然，如果不用画就没问题了。以上拙见，仅供参考。

答：diamond 打开 cif 时选“建立单个分子”，然后点完成，不要点下一步。

5. 请教diamond画C60 遇到的问题

(1)我这个 C60 在画多面体的时候，中间 inset 的 atom 的半径 在每个面上都要自己一个一个去设定 radium，有没有同类原子半径一起设置的?里面没有找到。

(2)当我把中间的 dummy 原子(就是为了画多面体的时候新加入的)的半径设为 0后，如果想改 C60 的每个面的颜色的画，这个怎么改的?

(3)最后问一下，我保存的图片中背景的 diamond demonstrator 如何去掉。

另献上我第一幅 diamond 图，如下。

答：1. 可以在 atom 设置里找到假原子直接设置 2. 以假原子为中心画多面体 3. 你用的应该是未本。

6. diamond中如何在螺旋链中插入一根棒

diamond 中如何在螺旋链中插入一根棒，以及如何看结构是单螺旋还是双螺旋结构，如何画出单，双螺旋结构?

答：插入几个哑原子，然后连键，进行一些设置就可以了。前段时间有人传了一些Diamond 的说明，其中有一个文件就是详细说明这个棒怎么画的。

找到了这个文件，感谢原作者 Crystalsnet，我把它上传到纳米盘，你自己下载下来看看就知道怎么做了。

答：在孔道两侧虚拟两个原子，然后在这两个原子间成建，设置一下键参数就可以了!

答：具体说，选择两端的几个院子，再找这几个的中心位置，分别 insert atoms , 再 连接心连接， insert bond, 在按你的意思 edit the bond。

7. 如何去掉 M-C,M-H 连接

打开一个晶体数据后，在 connectivity 中把 M-C,M-H 去掉后。再点 complete fragments后，这些 M-C,M-H 又连上了，求助高手。

答：点下connect now 再确定试试。

8. diamond里面如何定义元素化合价

怎么样定义元素的化合价，然后使半径比例随之改变??默认设置好像都是原子半径。

答：问题解决了，在atomic parameter 里面。

9. diamond画配位环境时到一定程度原子就长不出来了，是怎么回事

今天用 diamond 画配位环境时画到一定程度(配位环境没画完)原子就长不出来了，不知是怎么回事?请高手指点，谢谢!

答：试试在“Type of sphere”中把Rmax 值设大一些。

答：或者试试用小太阳符号“Fill coordination directly"。

10. 修改 Diamond 的默认单胞数

我不知道动了什么参数让 Diamond 的默认单胞数为 2 了，也就是说每次一打开就是两个单胞里的不对称结构单元，在哪改回去吖?

答：菜单栏的picture-->guidance-->picture creation assistant-->destroy all atoms, bonds 项选勾，下一步-->在 fill cell range with 项里选择需要的单胞数，按完成。OK!每次用diamond 打开cif 文件时，在引导项中注意选择单胞数，就可以控制显示的单胞数了。