FEI Amira(三维视图分析软件) v6.0.1官方版 附安装教程

Amira免费版是一款功能强大的三维视图和分析软件，软件拥有无与伦比的速度和灵活性，可用于计算机断层扫描、显微镜、MRI和其他成形形式的数据，在生命科学、生物工程学、神经科学领域使用广泛。

软件功能

纤维跟踪和编辑

当研究和理解细胞内过程、细胞结构的组成和细胞迁移时，对细丝和微管的分析具有重要意义。研究这些细胞结构将有助于开发疾病治疗方法。

借助 Amira，我们的客户可以使用模板匹配算法在嘈杂的 CryoEM 或 DualBeam™ 数据中自动检测和跟踪这些细丝。此外，使用 Amira，科学家还能够重构丝状网络并编辑生成的图形，以删除错误地识别为细丝的图像特征，或添加缺失的网络部分。然后可以通过测量数量、长度、厚度、取向、行列等参数，对细丝图进行量化。随后可以使用重构的模型和计算的参数创建引人入胜的三维渲染。

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单个细胞跟踪

为了更好地了解胚胎发育和先天性疾病如何发生，科学家需要在胚胎的发育周期中跟踪单个细胞。使用强大的高速光片显微镜，研究人员能够以足够的时间和空间分辨率对这些细胞进行成像。

借助 Amira，研究人员现在能够部署自定义分割算法，以分割图像的时间序列中的每个细胞。然后，可以使用市场中最强大的 Amira 自动化跟踪解决方案(由 u-track 3D 提供支持，已提交 Danuser Lab 进行同行评议)跟踪成千上万的分段细胞。通过自动选择合适的移动模型、事件检测和差距缩小，研究人员可以以高精度跟踪成千上万个快速移动的细胞。根据这些轨迹，Amira 使科学家能够提取定量信息，如形状和尺寸参数，或与移动性和扩散相关的测量。

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单个粒子跟踪

利用光片显微镜的最新发展，研究人员现在能够以出色的空间和时间分辨率对细胞内颗粒进行成像。现在可以更准确地研究细胞内过程，如膜动力学、病毒感染、细胞内输送和基因转录。这使科学家希望能够跟踪这些可能代表单分子或大分子复合物、细胞器、病毒或微球的颗粒。

Amira 能够在最常用的实验装置中检测这些颗粒。可以使用市场中最强大的 Amira 自动化跟踪解决方案(由 u-track 3D 提供支持，已提交 Danuser Lab 进行同行评议)跟踪这些成千上万的快速移动的颗粒。通过自动选择合适的移动模型、事件检测和差距缩小，研究人员可以以高精度跟踪成千上万个快速移动的细胞。根据这些轨迹，Amira 使科学家能够提取定量信息，如形状和尺寸参数，或与移动性和扩散相关的测量。

数据导入

借助用于研究细胞间和细胞内过程的大量成像技术，科学家经常面临来自各种供应商的图像设备，它们都喜欢自己的专有文件格式。这会加大分析和可视化工作的难度。

Amira 能使这一工作变得简单!通过使用 XBioFormats 扩展，科学家可以方便地加载 140 多种文件格式的三维或四维以上数据。他们可以立即在单个应用程序中处理数据，而不需要将数据导出到通用文件格式。

纤维跟踪和编辑

神经元及其他丝状结构的网络分析对研究和了解此类网络的形态和重构能力具有重要意义。此外，此类分析还有助于更深入地了解脑功能和疾病的影响和治疗。

借助 Amira，我们的客户能够跟踪、分析和量化丝状结构(如神经元、血管和微管)的三维图像。可以重构丝状网络，并且可以计算长度、厚度、取向、行列等度量，并在引人入胜的三维渲染中可视化。根据具体的应用和需要，可以自动或以交互方式执行跟踪。我们的模板匹配算法允许在嘈杂的 CryoEM 数据中自动检测和跟踪细丝。使用 Amira，科学家还能够编辑生成的图形，以删除错误地识别为细丝的图像特征，或添加缺失的网络部分。马克斯普朗克神经生物学研究所使用 Amira 进行轴突跟踪。

DTI 分析

了解脑的互连性对于脑功能性研究至关重要。这使研究人员能够更好地了解脑的不同部分如何共同协调更高级的认知功能和运动技能。

使用 Amira，我们的客户能够首先将图像转换为 Talairach 坐标，从而执行整个 DTI 分析工作流。然后，科学家能够将多张大脑图像映射到参考大脑。对齐大脑图像之后，可将梯度图像转换为张量场，最后可以使用我们先进的可视化工具跟踪和呈现神经纤维束。为方便起见，研究人员可以从 MRI 脑部数据中自动剥离颅骨及周围组织数据。

脑灌注分析

脑灌注研究有助于研究人员和科学家了解中风或其他脑组织疾病(如阿尔茨海默氏症和老年痴呆症)的影响。通过中风的确切位置和持续时间可以确定中风事件的功能影响。

使用 Amira，我们的客户能够在灌注加权 MRI 和 CT 图像中分析脑灌注。此分析包括平均通过时间 (MTT)、脑血流量 (CBF) 和脑血容量 (CBV) 的计算。

对象跟踪

在神经科学中，科学家通过对象(如正在发育的胚胎中的神经元、神经递质和受体)跟踪可进一步了解大脑中的细胞内和细胞间过程。

使用 Amira，我们的客户能够跟踪各种类型的三维图像中的单细胞或单颗粒。它使科学家能够创建自己的自定义分割工作流，以检测其感兴趣的对象。然后可以使用一流的三维跟踪(由 u-track 3D 提供支持，已提交 Danuser Lab 进行同行评议)跟踪这些对象。

FEI Amira安装教程

1、双击安装文件，进入欢迎界面，点击【Next】

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2、阅读许可证协议，勾选“I accept...”

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3、查看软件信息

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4、选择安装位置，默认的是C盘，想修改点击【Browse】

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5、选择安装类型【Typical installation】

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6、选择开始菜单文件夹，默认即可

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7、创建桌面快捷方式

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8、软件安装中

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9、点击【Finish】安装完成

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适用领域

Amira 细胞生物学应用

2017 年年初，我们将发布用于灵活且准确分析细胞过程的时间序列数据的 Amira 专用解决方案。

Amira 三维分析软件让研究人员已经能够根据特定的实验装置设计和更改分割和检测工作流程。

Amira 神经科学应用

Amira 三维分析软件支持研究人员使用最常用的图像分析技术，如钨丝追踪和编辑、DTI 分析、脑灌注分析和对象跟踪。

常见问题解答

1、Amira 的支持平台是什么?

Amira 在 Microsoft Windows、Linux、Mac OS X 上运行。详情请参见用户指南的“系统要求”部分和硬件建议联机文档。

2、我可以在远程屏幕上显示 Amira 吗?

一般而言，不建议使用远程显示器显示 Amira 等要求苛刻的交互式三维图形应用程序。服务器和客户机之间交换的图形信息量可能会过高。

在 Unix 系统上，您原则上可以将 Unix 版本的输出重定向到远程显示器。远程 X 服务器需要支持 GLX 扩展。请调用 xdpyinfo 查看您的计算机是否已安装该扩展程序。然后只需设置 DISPLAY 变量并启动 Amira 即可。在 Windows 平台上，可以使用 RDP 或 VNC 客户端，但图形性能可能会显著降低。

3、我是否需要有 root 或 administrator 权限才能安装 Amira?

是，您需要有 root 或 administrator 权限才能安装 Amira。