ChromasPro(测序图谱) v2.1.3免费版

ChromasPro是一款免费的DNA测序项目管理软件，为用户提供了多种分析序列所需工具，可以从多个程序和文件类型导入序列的详细信息，支持编辑数据以提高序列组装。采用峰图的转换模式对基因变化的点、线、区域进行直观的分析。

ChromasPro功能

以应用生物系统、Staden色谱图(SCF)、MegaBace (esd)、FASTA、EMBL、GenBank、SwissProt,、GenPept、GCG RSF和纯文本格式打开和保存序列。

将重叠序列组装一致，自动显示含糊不清的序列并编辑。

用高质量数据自动消除低质量序列并提高序列集合。

查看检测基因型文件。

生成限制位点和片段图，并且列举切割、无切割和片段。

染色体图开放阅读框，借助G+C框架图，点击一下即可翻译ORFs。

打印色谱图，限制位点和片段图，并且打开阅读框架图。

执行核苷和蛋白质BLAST，通过NCBI网站搜索。

通过ClustalW的界面执行多序列。

逆向&补充序列和色谱图。

通过准确匹配或最佳队列搜索序列。

当编辑核苷酸系列时显示翻译。

执行反向翻译和标出核苷酸退化。

划分蛋白质的亲水性和抗原性。

复制色谱图截面的图形粘贴到文档或演示文件中。

ChromasPro安装教程

1、双击“ChromasPro213Setup.exe”开始软件的安装，如下图，选择i accept

2、继续下一步设置软件安装目录，默认为“C:\Program Files\ChromasPro2”

3、继续下一步设置开始菜文件夹名称，我们可以保持默认

4、继续下一步设置桌面快捷方式，我们选择建立桌面图标

5、继续next，如下图点击install，稍等一会儿就可以完成ChromasPro的安装了

ChromasPro使用教程

打开email后，把附件中的所有文件保存到硬盘，先阅读使用说明，然后运行Chromas补丁文件，接着双击打开Chromas应用程序，图1为打开Chromas后的程序界面。

1. 点击菜单栏上的“File”中的“Open”或点击工具栏上的“Open”按钮,打开文件。

如图 2，找到您存放email结果的目录，选中一个图谱文件(在此以图谱A为例)。

2. 打开了图谱文件以后，窗口内显示的是测序结果的峰形图.

由于测序仪器或其它一些原因测序结果会有一些误差。

双脱氧终止法测序是从引物3'端之后第一个碱基开始测序.没有测序的引物序列.

测序时，由于荧光染料的干扰，测序结果在引物3'端后面的10至30个，严重时可能达到70个以上碱基不一定能够准确判读，需你根据自己的已知序列信息及测序彩图作出判断

如图在第一个位置处漏读了一个A，在第五和第六个碱基中间，测序仪漏读了一个A碱基，第二个碱基测序仪把C和A两个碱基误读为一个N值等。由于染料单体的干扰和迁移率的原因，这些问题较多的发生在序列的起始的部分。这些机器造成的错误可以人为的把其校正修改过来。图4为修改后的序列图谱。

但并不是所有的N值都可以校正，在此以PCR样品的B序列图谱为例，如图5，此序列在79bp后许多地方有N值，由于样品突变的原因，该序列中明显包含两种模板，因此有两套峰，这些N值是不能正确校正的，只能将该样品进行克隆后进行测序。

由于测序胶体迁移率的原因，一般的样品在500bp后峰形会有所变差，这样只能根据峰形作适当的修改，随着往后的峰形越差，能辨别的程度也就越低，若要确切的知道后面的序列，建议根据情况加测反应。

要提醒的是，校正碱基一定要根据峰形来作适当的校正，一个峰对应一个碱基，不可盲目修改。

3. 可以选取菜单栏上的“Edit”中的“Copy Sequence”下的命令来复制整个序列，“Plain Text”可把序列复制为纯文本形式，“FASTA Format”可把序列复制为FASTA格式，然后把内容粘贴到文本编辑器中，如记事本，如图6。

4. 可选取菜单栏上的“Edit”中的“Reverse Complement”来给序列做反向互补，如图7。

另外,还可以选取“File”中的“Export”或直接单击工具栏上的“Export”按钮来导出文件，导出文件时可以选三种不同的格式：“Line”、“Formatted Text”、“FASTA”。如图8。导出后的文件SEQ格式，即我们email给您的结果中的序列文件。