Molegro Virtual Docker v6.0免费版

Molegro Virtual Docker是由Molegro开发的一款专业的计算机辅助药物设计软件，可以进行跨平台的预测蛋白质跟化学小分子结合，采用最新的演算法，从分子结构的preparation到binding site的预测以及最后的小分子的结合未知及构造此款软件都可以轻松实现。需要的朋友可以下载试试！

基本介绍

Molegro Virtual Docker是预测蛋白-配体相互作用的综合平台。它能够处理对接过程所需的方方面面，包括准备靶蛋白、靶蛋白潜在结合位点的识别、以及预测配体的结合模式。

Molegro Virtual Docker的高质量对接是基于全新的优化技术并结合了高可用性、高生产效率的用户体现界面。

Molegro Virtual Docker功能

1、高准确性的docking结果，与其他docking软件想比较之下，为准确率最好的(MVD: 87%, Glide: 82%, Surflex: 75%, FlexX: 58%)

2、简单易用的软件界面：提供互动步骤方法 (wizard)，让使用者可以很快的设定及执行docking，也针对docking结果提供完整的视觉及分析工具。

3、跨平台的整合：Molegro Virtual Docker 提供在Linux, Windows,及Mac平台的版本以及其结果可以在各平台存取

Molegro Virtual Docker特色

Ø 高精度对接：已经得到验证，能够高精度地正确识别结合结合模式。

Ø 功能全面：包括诱导契合对接(侧链柔性)，基于结构相似性的虚拟筛选，柔性的小分子叠合，用人工神经网络或MLR建立回归模型。

Ø 高级的视图与分析工具：可以用来分析配体-受体相互作用以及精细调节以观察对接结果

Ø 网格计算：用Molegro Virtual Grid在多个机器上实现分布式对接计算

Ø 跨平台：支持Windows，Mac与Linux

基本特性

Ø 工业标准格式(PDB，mol2, SDF)的输入与输出

Ø 输入结构的自动准备(加氢，电荷，键级处理，杂化状态的归属，质子化状态处理)

Ø 可视化风格(线状，球-棍状，空间填充球状，棒状，卡通与分子表面)

Ø 自动预测潜在的结合位点(活性位点的识别)

Ø 内置高质量图片渲染工具

Ø 多种对接打分函数

Ø 对接搜寻技术是基于当前最新的优化技术

Ø 具有命令行界面以支持高级用户的互动操作

Ø 具有GUI的精灵向导与在线帮助

基准测试结果

对接程序	精度
Molegro Virtual Docker	87.0%
Glide	81.8%
GLOD1	78.2%
Surflex	75.3%
FlexX2	57.9%

表1： 几个对接程序对77个复合物结构的对接精度 详见：MolDock: A New Technique for High-Accuracy Molecular Docking': René Thomsen and Mikael H. Christensen (J. Med. Chem., 2006, 49(11), pp 3315 – 3321)

[1] Based on 55 out of the 77 complexes

[2] Based on 76 out of the 77 complexes

高级特性

Ø 可视化观察对接的构象，展示关键的相互作用

Ø 对接钱侧链的修复、突变或优化

Ø 支持侧链柔性的对接，将诱导契合效应加以考虑

Ø 分子描述符的计算，包括我们特有的CFDM拓扑描述符

Ø 重新排序打分(对接结果的重新排序以增加对接精度)

Ø 用事前计算的能量格点来加速计算

Ø 数据分析器可以用来建立回归模型(人工神经网络或MLR)并进行数据可视化

Ø 支持可替换水分子的模拟，在对接时使用显式的水分子

Ø 相似性对接用来柔性叠合配体分子，并用模板(药效团)约束下进行对接与筛选

Ø 支持用户自定义约束以增加对接性能

Ø 生物大分子生成器

Ø 蛋白结构的叠合

Ø 构象修改器可以用来手动修改构象

Ø RMSD计算将自同构考虑在内

Ø 配体能量监控器

Ø 球形修正工具

Ø 序列观测工具

Ø 支持对接计算引擎的脚本(Python)

支持的平台

Windows 7, Vista, XP, 2003.

Mac OS X 10.4 或更新的版本 (Intel & PowerPC).

Linux: 主流的分布版本，包括Fedora Core, Red Hat, Ubuntu。32bit与64bit皆可