Cytoscape(网络图编辑软件) v3.6.1官方版 附教程

Cytoscape中文版是一款功能强大的网络图编辑软件，采用图形化显示网格的方式进行分析和编辑，主要功能包括构建网格、设计和图形绘制，支持TXT、SIF、GML等多种网格描述格式，广泛应用在生物分析领域。Cytoscape仅适用于64位系统，需要的朋友可以下载！

基本介绍

Cytoscape是一款可图形化显示网络并进行分析和编辑的软件。支持多种网络描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本或Microsoft Excel文件作为输入，或利用软件本身的编辑器模块直接构建网络。

Cytoscape安装教程

1、双击Cytoscape_3_6_1_windows_64bit.exe文件，开始解压，如图

2、进入欢迎界面，点击next

3、阅读许可内容，勾选“I accept the agreement”表示同意协议

4、选择安装目的地位置，默认“C:\Program Files\Cytoscape_v3.6.1”，如需修改点browse

5、勾选关联的文件格式.cys

6、是否加入改进计划，点击next开始安装

7、Cytoscape正在安装中

8、点击Finish，安装完成

Cytoscape使用教程

获得网络数据

获得网络数据的方法有两种：

第一种 是通过检索蛋白相互作用数据库构建网络。

Cytoscape欢迎界面：

如果启动时，没有显示欢迎界面，可以使用菜单”help” 》 “show welcome screen”打开。在欢迎界面，选择”From Network Database”，将弹出如下界面：

在搜索框中输入基因或者蛋白的名称，点击”Search”, 在结果框中选择有记录的数据库，”Automatic Network Merge”(自动合并网络)可以选择，也可以手动合并网络，最后点击”Import”。下图是其中得到的一个网络：

第二种 得到网络的方法是通过Agilent Literature Search插件进行文本挖掘，通俗地来讲就是让机器帮你读文献。

安装Agilent Literature Search插件, 菜单”Apps” 》 “APP Manager”, 选择”Agilent Literature Search”, 点击”Install”进行安装，如下图所示：

安装成功后，会在菜单”Apps”下，看到”Agilent Literature Search”，点击使用它，如下图所示：

“Terms”框这里依然输入”KCTD10″，”Max Engine Matches(最多读多少篇文献)”这里设置为100，其他参数这里不做修改，你可以根据需要自行设置，点击绿三角图标进行文本挖掘。 下图是通过Agilent Literature Search插件文本挖掘得到的网络：