HyperChem(分子模拟软件) v8.0.8 最新版 附使用教程

HyperChem 8.0免费版是一款功能强大的分子模拟软件，主要功能包括3D量子化学计算、分子力学和动力学模拟，新版本增加了OpenGL绘图、自定义色彩、混合演示、原子管型演示、增强了蛋白质模型构建功能等，为高分子模拟提供了新的解决方案，另外小编还带来了HyperChem 8.0安装教程，需要的朋友可以下载！

软件功能：

1、结构输入和对分子操作。

2、显示分子

3、化学计算

用量子化学或经典势能曲面方法，进行单点、几何优化和过渡态寻找计算。可以进行的计算类型有：单点能，几何优化，计算振动频率得到简正模式，过渡态寻找，分子动力学模拟 Langevin 动力学模拟， Metropolis Monte Carlo 模拟。支持的计算方法有：从头计算，半经验方法，分子力学，混合计算

4、可以用来研究的分子特性有：

同位素的相对稳定性;生成热;活化能;原子电荷; HOMO-LUMO能量间隔;电离势;电子亲和力;偶极矩;电子能级; MP2 电子相关能; CI 激发态能量;过渡态结构和能量;非键相互作用能; UV-VIS 吸收谱; IR 吸收谱;同位素对振动的影响;对结构特性的碰撞影响;团簇的稳定性

5、支持用户定制的外部程序

6、其它模块：

RAYTRACE模块，RMSFit，SEQUENCE编辑器，晶体构造器;糖类构造器，构像搜寻，QSAR 特性，脚本编辑器

7、新的力场方法：

Amber2，Amber3，用于糖类的Amber，Amber94，Amber96

8、ESR谱

9、电极化率

10、二维和三维势能图

11、蛋白质设计

12、电场

13、梯度的图形显示

14、新增功能：

密度泛函理论(DFT)计算;NMR模拟;数据库;Charmm蛋白质模拟;半经验方法TNDO;磁场中分子计算;激发态几何优化;MP2相关结构优化;新的芳香环图;交互式参数控制;增强的聚合物构造功能;新增基组。

HyperChem使用教程

1. 打开Element Table对话框。这里有两种方法：

在Build菜单中选择Default Element，或者双击Drawing工具。Default

Element对话框允许从周期表中选择缺省元素。

2. 如果单击Properties...按钮，将显示当前选择元素的物理属性。也可以

按下Shift键同时单击元素按钮，结果是一样的。单击OK键，物理属性框

消失。

3. 如果Allow Ions或者Explicit Hydrogens打开(用对勾选择)，左键单击

这些选项使其关闭。

4. 在缺省元素列表中选择Carbon，接着关闭元素对话框。缺省元素将设置

为碳。当然也可以把打开的Default Element对话框移走，这样可以看到

HyperChem工作区。当画原子非常多的分子时，这是非常有效的。

5. 左键单击Drawing工具，把指针移到工作区。

6. 左键单击工作区左下角，将出现一个小圈，代表未成键的碳原子。

7. 在工作区不同位置画更多的原子。

画价键

1. 把指针移到刚才画的第一个碳上。

2. 按下鼠标左键。这是价键在第一个原子的位置。

3. 保持鼠标按钮按下的同时拖向工作区的顶端。

4. 放开鼠标按钮。这是价键在第二个原子的位置。一条线代表两个碳

原子之间的价键。

5. 用仍旧停留在价键末端的指针, 用左键拖向工作区右下角。

6. 放开鼠标按钮。这是第三个原子的位置。

7. 在空白工作区画六个价键，形成一个环。

现在你清楚了如何画原子和分子，并且学会了一些基本技巧。

选择原子

在这个练习中，通过选择原子，你可以学到基本的选择技巧。首先必须设置

选择的级别[原子(atoms)，基(residues)，或分子(molecules)]。

这里设置为原子(atoms)。

1. 左键单击Select菜单。

2. 左键单击选择Atoms。

接下来，关闭Multiple Selections：

1. 左键单击Select菜单。

2. 如果Multiple Selections打开，左键单击来关闭它。

这样当你重新选择一个原子或者一组原子的时候，前面的选择将会取消。

选择原子：

1. 左键单击Selection工具，把指针移到工作区。

2. 左键单击前面创建的原子。这将激活这个原子。可以在Preferences对话

框中设置激活的样式。Preferences在File菜单中。

3. 左键单击前面创建的价键中部，这个价键就会激活，价键两端的原子就会

被选择。

4. 右键单击工作区的空白处，撤销对所有的原子和价键的选择。

选择一组原子

1. 在Select菜单，确保Select Sphere没有打开。

2. 在工作区左上方挑选一个点。

3. 同时按下鼠标左右键拖向工作区右下角。HyperChem显示一个代表选择区

域的矩形。

4. 继续拖左右键，直到想要的原子被包括在矩形里。

5. 释放鼠标按钮。

选择区域所有原子就会被激活。

选择第二组

原子：

1. 在Select菜单选择Multiple Selections。打开Multiple Selections

后，在当前的选择中将添加新的选择。

2. 像选择第一组原子一样，左右键同时拖。

3. 释放鼠标按钮，第二组原子被激活。

如果选择工作区中所有的原子，在选择模式中左键单击工作区的空白区域。

撤销对原子的选择：

1. 右键单击未成键原子。这个原子不再激活。

2. 右键单击选择的价键中部。价键两端的原子不再激活。

3. 右键单击工作区的空白区域，撤销对所有原子的选择。

画二维草图

1. 双击Drawing工具，打开Element Table对话框。

2. 打开Allow ions，关闭Explicit Hydrogens。如果关闭Explicit

Hydrogens，在画分子的时候，不自动添加氢。

3. 选择碳，接着关闭对话框。碳设置为缺省元素。

4. 接着按下面操作。

标记原子

1. 在Display菜单选择Labels。

2. 在Atoms选项框，选择Symbol。靠近Symbol的单选按钮会被填充。

3. 左键单击OK。

Labels对话框消失，所有的原子将标注元素符号。

删除原子：

1. 左键单击Drawing工具进入绘图模式。

2. 右键单击想要删除的原子，或者想要删除的价键中部。原子和价键就

会消失。