欧普下载是国内较新、较齐、较安全的软件下载基地!
当前位置:首页 ›› 图像软件 ›› 3D制作 ›› Jmol(化学结构查看器)下载

Jmol(化学结构查看器) v14.29.29中文版

Jmol软件[下载地址]
Jmol(化学结构查看器) v14.29.29中文版

Jmol软件是基于Java的化学结构查看器,主要用于浏览和编辑分子模型和二级结构示意图,可以测量距离、键角和扭转角,支持CML,GAMESS,Ghemical等文件格式,具有开源自由的特点,需要的朋友赶快下载吧!

Jmol(化学结构查看器) v14.29.29中文版

软件功能

1、适用于所有现代浏览器的HTML5 / canvas图形,包括iOS和移动设备

2、极低的占地面积选项(50K),用于简单的交互式结构显示

3、其他服务器端Java,独立Java和签名Java小程序选项

4、完整的晶体学对称能力

5、加载许多曲面格式并​​动态创建和显示曲面

6、易于定制的基于Web的界面兼容(并且需要)jQuery

7、记录良好的脚本语言,包含1000多个令牌

8、读取超过60种文件格式,包括PyMOL(PSE)会话文件

9、从体积(CUBE)数据创建高度压缩(300:1)表面文件

10、导出为GIF,JPG,PNG,PDF,WRL,POV-Ray,OBJ格式

11、为纯HTML5应用程序使用定制的,优化的Java-to-JavaScript编译

12、用于客户端JavaScript的Swing和PDF导出的通用JavaScript库

13、JSpecView模块功能:

14、阅读JCAMP-DX,CML,AnIML格式

15、交互式实际和预测的1H NMR光谱

16、交互式IR,拉曼,NMR,GC / MS,UV / VIS光谱

17、光谱以PDF格式生成

软件特点

1、无需硬件支持的高性能3D绘图

2、支持的文件格式有:CIF/mmCIF,CML,GAMESS,Gaussian 94/98/03,Ghemical,HIN (HyperChem),Jaguar,MOL/SDF,MOPAC 93/97/2002,PDB,Q-Chem,SHELX,Spartan,NWChem,XYZ。其中,用gzip压缩的文件可以用程序自动解压缩。

3、动画

4、振动

5、支持基本单位晶胞

6、二级结构示意图

7、测量距离、键角和扭转角

8、RasMol/Chime脚本语言支持

9、Javas cript支持库

10、输出jpg,pdf和PovRay格式的文件

Jmol使用教程

1、利用Jmol软件显示分子3D模型

用Jmol软件显示分子3D模型主要有两种方式:一是利用本地Jmol软件显示分子模型,只需打开软件后,打开或拖拽入需显示的前述兼容格式的分子模型即可;二是在网页中调用Jmol程序显示分子模型,这需要一定的HTML语言和Java语言知识(可参考网络教程[11]),例如将甲烷3D模型(methane.pdb)嵌入本地HTML网页,可利用Dreamweaver建立HTML网页,则要按图1编写HTML代码,需注意调用Jmol.js和methane.pdb的相对地址,图1中HTML代码是网页和他们都处于同一目录,完成后打开网页即可得到最简单的网页Jmol3D交互模型。

2、Jmol3D模型交互操作

Jmol3D模型的交互操作可粗略分为:脚本交互和鼠标交互两种,前者是利用编程技术将交互内容事先编好,要求使用者具有一定的Java编程基础,适于Jmol3D模型开发者,有兴趣的读者可参阅Robert M. H开发的Jmol交互式脚本文档网站进行查询和学习[14];后者则更适于普通用户,用户只需要操作鼠标(少数需要键盘配合)即可完成对模型转动、缩放、显示键角、显示键长等数十种交互操作。

鼠标交互操作又可细分成鼠标操作和鼠标右键操作,李安邦(2011)[8]对Jmol老版本的交互操作进行了介绍,如图表格是鼠标操作的内容和操作方式,这些都是常用的交互操作方式。

Jmol(化学结构查看器) v14.29.29中文版

鼠标右键操作内容丰富,操作时在Jmol程序运行界面内点击右键即可看到:“模型1/1、设置、选择、查看、样式、颜色、表面、对称性、缩放、旋转、振动、动画、测量、鼠标拾取、控制台、显示、文件、计算、语言、关于”等20项右键一级菜单,继续点击可看到这些菜单下的数十项供选择的子菜单,本文只对鼠标右键菜单常用操作以及最新版本新出现的操作进行简介。

①查看:菜单可供使用者切换到“前面、左边、右边、顶面、底面”等几个标准的方位进行查看。

②样式:可以框选“深度透视、边界盒、单位晶格、轴”等菜单,其中选择“单位晶格”则在晶体中显示单位晶格边框,选择“轴”则显示三维坐标轴。“立体图形”是最近版本增加的菜单,此菜单包含“红+青玻璃”等6项子菜单,选择“红+青玻璃”菜单,使用者可佩戴购买的红+青三维立体眼镜即可查看逼真的三维分子效果(如图2)。“方案”菜单可选择“CPK空间填充、球—棍”等6种模型显示方式用于显示比例(填充)模型、球棍模型等。样式菜单还可以选择显示化学键、氢键、二硫键等化学键类型,总之鼠标右键操作中的样式菜单是Jmol3D模型交互操作中最常用的菜单之一。

Jmol(化学结构查看器) v14.29.29中文版

③颜色:通过颜色菜单可对原子、化学键、氢键等的颜色进行选择与更换,对于原子的颜色默认使用CPK颜色方案,对于化学键默认使用继承颜色方案,即将化学键按成键原子颜色各一半进行显示。

④表面:表面菜单可以控制分子表面的显示和隐藏,显示时可以设置为“点状表面、范德华表面和溶剂可及表面”等多种类型。

⑤对称性:可以对研究对象的对称性进行全面观察。

⑥振动:在进行红外光谱分子振动显示时,该菜单可对化学键的振动进行控制。

⑦测量:该菜单可对原子间的距离、化学键间的夹角、三原子间的夹角等量进行测量和显示

⑧鼠标拾取:该菜单包括“居中显示”、“显示标识”、“显示标签”等多个子菜单,其中点击“显示标签”后,再用鼠标点击某个原子,可显示该原子的标签(元素名称)。

3、Jmol软件在化学教学中的应用

3.1 利用网络资源开展化学教学

Jmol软件在国内还鲜见应用报道,而国外则应用较广泛[15],Wiki的Jmol主页报道了100余个使用Jmol软件的网站,其中比较有代表性网站,如:①德国达姆施塔特技术大学Stefan Immel博士的“3D Structures”教学网站[16],②美国俄亥俄州州立大学Richard Spinney教授的“Chemistry the Central Science”教学网站[17],③ Alton J. Banks等人制作的“Periodic Table Live!”网站[18],④ 奈梅亨大学的有机化学教学网站“Mol4D” [19],这些网站中有大量的原子、分子、晶体结构、光谱分析等Jmol动画素材。

3.2 利用下载源文件进行再编辑开展化学教学

在进行金刚石晶体教学时,要让学生明白1个C原子被几个六元环所共用时,传统教学只能借助对实物模型的观察,由于模型都较小,且这一问题涉及的C原子有29个之多,学生难以看清,而多媒体教学通常教师能开发或下载到的仅是不能编辑、不能旋转金刚石模型的视频或动画,于是造成了教师教学的难点,而采用Jmol软件便可迎刃而解。教学前教师首先下载金刚石结构的pdb格式源文件(http://www.edinformatics.com/interactive_molecules /diamond.pdb),打开本地Jmol程序后将diamond.pdb拖入Jmol中打开,利用选取工具,选取不作研究的原子,点击右键,选择“样式→方案→线框”,将它们“隐藏”起来避免干扰观察,选择要研究的对象原子,点击右键,选择“样式→方案→球-棍”,将它们按球棍模型方式显示,然后选择“颜色→原子→×色”,将对象原子改成不同颜色便于授课使用,最后点击右键,选择“文件→保存脚本”,教学时再打开使用。如图6,通过旋转可以观察到:中间的C原子被12个碳环所共用。

Jmol(化学结构查看器) v14.29.29中文版

再如,在进行VSEPR教学时,让学生明白NH3中心原子价层电子对数为4,VSEPR模型为四面体,其中有1对孤对电子、3对成键电子。备课时首先下载nh3-mo.pdb.gz(http://undergrad-ed. chemistry.ohio-state.edu/VSEPR/PDB/ nh3-mo.pdb.gz)和nh3-lp.jvxl.gz(http://undergrad-ed. chemistry.ohio-state.edu/VSEPR/JVXL/nh3-lp.jvxl.gz)两个文件并解压,将解压后的文件依次拖入打开的Jmol软件中,点击右键,选择“平面→半透明效果”,可将孤对电子云半透明显示,双击其中H原子,光标变为“+”,若再双击N原子可显示N-H键键长,若再单击N原子,然后双击另一H原子可显示∠HNH键角。如图7,通过观察可得到结论,由于孤对电子云较“胖”,成键电子云受其“挤压”,键角小于109.5°。

分子可视化是利用计算机图形学和图像处理技术,将微观分子数据转换为图形或图像在屏幕上显示出来,并综合交互处理的理论、方法和技术。它具有交互性、多维性、可视性等特点。Jmol是一个用Java语言编写的免费的、开源的、跨平台的新一代分子可视化首选软件,以Jmol为代表的分子可视化软件在化学教学的多个领域可以应用,基于Jmol进行的教学不仅直观形象,同时也消除学生对微观知识产生的迷思概念。但文中所列的Jmol分子可视化资源均来自国外,如何开发和建立出支持我国国本土化学教育的Jmol分子可视化资源库,让师生在平时的教学中使用该技术,还需要化学教育工作者共同努力,希望在不远的将来,在我国化学课堂上,学生们也能像美国等发达国家学生一样坐在计算机前利用鼠标操控分子模型学习化学知识。

下载Jmol(化学结构查看器) v14.29.29中文版
本地下载地址:
本地电信下载
本地电信下载
本地联通下载
本地联通下载
本地迅雷下载
本地迅雷下载
移动用户下载
移动用户下载

版权声明:本站提的序列号、注册码、注册机、补丁等均来自互联网,仅供学习交流之用,请在下载后24小时内删除。

猜您喜欢
相关文章
软件评论
请自觉遵守互联网相关政策法规,评论内容只代表网友观点,与本站立场无关!
    登录   注册